在口袋妖怪这个游戏中，二周目的时候会有什么不一样的变化了呢？
在打完绿宝石的第一遍后，重新回来就开启了系列的二周目模式。这里有好多新的小伙伴还有各种隐藏的宝贝，其中大量的动物都是必须要到这一步才能捕捉到的。还是出现在老家的楼上，下楼发现爸爸来了，从他那里我们可以得到一张船票，在后面乘船的时候会用到。父亲走后电视上的新闻会告诉我们天上来了一只大鸟，妈妈让我们选它的颜色是要红还是蓝，之后可在丰缘的地图上随机遇见它。一出门我们就会被喊走，因为博士要帮我们把图鉴给升级一下，然后我们飞到凯那市去坐船前往水静市。在船上的第二间房里休息一下就可以抵达了，不用下船，在原地出现新的选项。
这里我们要先去招待所搞到一个通行证才能在这里面到处走，房间内的四人可详细咨询这里的各个设施。在金字塔进行对战，但是它的下方会有一棵有问题的树，拿出吼吼鲸作为洒水壶对着它喷一喷，它是怕水的，所以会立马攻了上来，其实是伪装的高手胡说说。解决了这个麻烦，我们可以顺着瀑布直接往下，这里是一个山洞。里面其实只有图图犬这一种精灵。但是它的另一边能一直通往北边，这里其实是亚希达的房子，看上去是有点小的。这里可进行交换，我们可以跟这间房的两个老婆婆用BP换取技能。
